Las Organizaciones No Gubernamentales para el Desarrollo (ONGD) siguen siendo uno de los actores principales de la cooperación que realiza España en Guatemala, siendo, además, los órganos que trabajan más a fondo en el terreno y que mantienen una relación más cercana y directa con los beneficiarios/as.

Del 2009 hasta la actualidad, se encuentran trabajando en Guatemala aproximadamente 43 ONGD españolas, bien con representación formal, bien con enlace a través de una ONG local. Los principales sectores de actuación de estas organizaciones, ya sea a través de convenios o proyectos, se dirigen a reducir la mortalidad materno-infantil, promoción de los derechos indígenas, empoderamiento de la mujer, especialmente indígena, soberanía alimentaria y protección del medio ambiente.

Actualmente, se encuentran en ejecución los siguientes proyectos/convenios financiados por AECID: